Деятельность Фонда развития малых исторических городов осуществляется через реализацию сетевых программ и отдельных проектов в малых городах и поселениях.

Сетевые программы
Сетевые программы фонда предназначены для представителей организаций (муниципалитетов, частных и муниципальных музеев, выставочных центров, краеведческих объединений и др.) всех городов, имеющих соглашения о сотрудничестве с фондом и изъявивших желание присоединиться к той или иной программе.

Проекты
Проекты фонда осуществляются в отдельных городах и исторических поселениях. Кроме того, отдельные проекты фонда могут осуществляться и в интересах малых исторических городов в целом.

Дочерние предприятия
В некоторых городах, в рамках развития тех или иных проектов Фонд создает свои дочерние предприятия.
Так, например, в Бежецке (Тверская область) свою деятельность Фонд осуществляет через ООО "Музейно-выставочный центр "Дом Гумилевых" и ООО "Музейно-выставочный центр "Дом Петра Дружинина"
В стадии регистрации находятся некоммерческие предприятия Фонда в г.Чекалин (Тульская область).
Планируется создание туроператорской компании, осуществляющей работу над проектами "Льняная дорога" и учебного центра "Путь Софии".
В качестве СМИ зарегистрированы газеты с участием Фонда - "Литературный Город" и "Боровск - сердце мое", а также информационное агентство "Вести Туризм".

​Партнёры
Партнёрами Фонда по реализации программ и проектов могут выступать городские администрации, организованные городские сообщества, отдельные юридические и физические лица, средства массовой информации, учебные заведения, муниципальные и частные музеи, университеты, колледжи и школы, предприниматели и общественные организации.
​
Деятельность Фонда в том или ином городе начинается после подписания базового Соглашения о сотрудничестве.

Каждая программа фонда финансируется непосредственно из бюджета Фонда. Со-финансирование программ и проектов возможно со стороны организаций, являющихся партнёрами фонда.

​В настоящее время фонд осуществляет следующие сетевые программы:
По направлению "Исследования":

• Исследовательские программы Фонда реализуются совместно с рядом ведущих российских университетов. Ведущим партнёром Фонда является Факультет гостеприимства и спортивной индустрии Института управления РАНХиГС, Высшая школа бизнеса НИУ Высшей школы экономики. Партнёрами Фонда также выступают Финансовый университет при Правительстве РФ, Высшая школа государственного управления РАНХиГС, Новгородский государственный университет им.Ярослава Мудрого, Тверской государственный университет, Бежецкий колледж им.А.М.Переслегина.
• Исследования проводятся в рамках изучения культурно-символического капитала малых городов, брендинга территорий, внешних городских коммуникаций, разработке стратегий и "дорожных карт" развития.

По направлению "Территориальный маркетинг"

• Программа "АртПередвижение" (В рамках данной программы постоянно раюотают выставки "Настоящая Россия" и "Дорога в Иерусалим", основу которых составляют работы художников, постоянно проживающих в малых исторических городах и поселения РФ. Программа работает с 2017 года. С 2019 года в рамках программы проводится межрегиональный конкурс детского рисунка "Я рисую свой город". )
• Программа "Наша инфографика: Энциклопедия малых городов". (Наши художники изготавливают различные инфографические коллекции, посвящённые малым городам.)
• Программа "Фестиваль ПереДвижение". Главное арт-событие, организатором которого является Фонд. Впервые Фестиваль ПереДвижение прошел в 2013 году на Александровой горе, вблизи города Переславль-Залесский. В 2018 г. фестиваль вперые состоялся в г.Чекалин (Тульская область). В 2020 и 2021 г. очередные фестивали ПереДвижение были отменены из-за пандемии. В 2021 и 2022 г. фестиваль возобновил свою работу и состоялся в г.Чекалин. Программа получила свое развитие в г.Бежецк, где Фонд является главным организатором фестиваля "Дни Ахматовой" и "Гумилёвский фестиваль"
• С 2017 года Фонд начал программу "Пресс-тур" в рамках которой регулярно организуются пресс-туры для российских журналистов. По результатам поездок в центральных СМИ выходят публикации, рассказывающие о ситуации в исторических городах и поселениях.
• С 2013 года партнерами Фонда являются российские туристические выставки "Отдых" и "Интурмаркет". В рамках деловой программы Фонд регулярно проводит свои конференции, на которых лучшие практики малых городов знакомят всех желающих с опытом своей работы.
• С 2018 г. Фонд стал учредителем портала Вести Туризм. На этом портале регулярно публикуются новости малых городов. Кроме того, журналисты, работающие в фонде являются авторами и ведущими радиопрограмм, в разное время выходящих на различных радиостанциях, таких, как "Эхо Москвы", "Радио 1" и другие.

​По направлению "Образование":

• Организация разовых семинаров и вебинаров для жителей малых городов
• Подготовка учебных программ для жителей малых городов в сотрудничестве с ведущими российскими университетами
• Проведение регулярных научно-практических конференций в рамках туристических выставок "Отдых" и "Интурмаркет"

​
По направлению "Устойчивый туризм"
Фонд осуществляет следующие туристические программы, направленные на создание и развитие культурно-познавательных маршрутов.

• Программа "Путь Софии" - объединяющая исторические города в России и за рубежом
• Программа "Льняная дорога" - объединяющая малые города России, в которых было развито производство льна
• Программа "Путь Гумилёвых" - объединяющая города в России и за рубежом, связанные с именем поэта Серебряного века Н.С.Гумилева
• Программа "Пленэр - АртПередвижение"
• Программа "Студенческий выезд"
• Программа "Автопробег"

По направлению "Медиа"
Фонд является учредителем портала "Вести Туризм", газет "Литературный Город" (Бежецк) и "Боровск - сердце мое" (Боровск), представители фонда активно выступают в качестве экспертов в российских федеральных и региональных СМИ.